La communauté de communes assure le service public d'élimination des déchets ménagers et assimilés. En novembre 2004, elle a mis en place la collecte sélective sur l'ensemble du territoire. Depuis, le tonnage d'ordures ménagères collectées baisse sensiblement, malgré l'augmentation de la population, signe de la bonne santé du tri.

La communauté de communes a également engagé en 2005 le réaménagement de la déchetterie intercommunale, sur la commune d'Allinges : depuis sa réouverture en janvier 2006, celle-ci est accessible dans les mêmes conditions à tous les habitants des Collines du Léman.

La communauté de communes multiplie aussi les initiatives pour plus et mieux trier : elle est l'une des premières collectivités du département à avoir mis en place la collecte des Déchets d'Equipements Electriques et Electroniques (DEEE), en partenariat avec Eco-Systèmes. Elle s'est également engagée avec l'organisme Recylum pour favoriser le recyclage des lampes usagées.

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